شهدت فترة رئاسة البابا إنوسنت الرابع صراعات حادة مع الإمبراطور الروماني فريدريك الثاني، مما اضطره للجوء إلى فرنسا خوفاً من الاعتقال. اتخذ إنوسنت قرارات حاسمة بحرمان الإمبراطور من حقوقه الكنسية وإعلان تنحيته، وركز معظم جهوده وسياساته على جمع الأموال لدعم الجيوش البابوية في تلك المعارك المكلفة. عُرف بسعيه لمركزية السلطة البابوية واستحداث ممارسات إدارية اعتُبرت لاحقاً إساءة لاستخدام نفوذه، وانتهت مسيرته بالعودة إلى إيطاليا بعد وفاة خصمه.